提速近10倍！基于深度学习的全基因组选择新方法来了******

　　近日，中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用，将助力深度学习在全基因组选择中的应用，为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物（Molecular Plant）》上。

　　全基因组选择作为新一代育种技术，通过构建预测模型，根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择，从而缩短育种世代间隔，加快育种进程，节约成本，推动现代育种向精准化和高效化方向发展。

　　统计模型作为全基因组选择的核心，极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型，难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。

　　相较于传统模型，非线性模型（如深度网络神经）具备分析复杂非加性效应的能力，人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机，深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。

　　该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料，通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。

　　与其他五种主流预测方法相比，该方法有以下优点： 可以利用多组学数据开展全基因组预测；算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构，可以有效降低模型错误率，提高运行速度；预测精度稳健，在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当，在大规模数据集上预测优势更加明显；计算时间与传统方法相近，比已有深度学习方法提速近10倍；超参数调整对用户更加友好。

　　该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。

学术支持

中国农业科学院作物科学研究所

记者

宋雅娟

草莓飘香 田园“莓”景等你来******

　　又是一年草莓红。1月4日，在衡山县福田铺乡金路村，福云生态草莓园的50亩草莓陆续成熟，进入采摘期。

　　走进草莓种植大棚，一垄垄草莓长势喜人，嫩绿的草莓秧沿着田垄铺开，朵朵小白花点缀其中，绿叶下一颗颗饱满的草莓若隐若现，娇艳诱人，在空气中散发着淡淡的清香。不少游客趁着晴好天气，在草莓园体验采摘的乐趣，享受惬意“莓”好生活。

　　园内草莓品种丰富，有酸甜可口的红颜草莓、味美香浓的奶油草莓、软糯香甜的越秀草莓、香甜味浓的贵妃草莓，以及肉质细嫩的白色草莓“粉玉”等，满足市民游客的不同口味，采摘可持续到4月底。

　　草莓园技术人员邓中和介绍，“我们都是采用绿色环保的种植方式，使用的是有机肥，都是人工除草、人工护理。”

　　产业兴则乡村兴。2022年，衡山福云生态农业有限责任公司通过调整农产品种植模式，引进优质草莓品种，发展草莓产业，上半年种瓜果下半年种草莓，增加冬季收入，带动当地百姓增收。（廖晶 戴玮 李晓婉）